Đã có những tranh luận đáng kể xoay quanh việc liệu hai bản mã chưa được phá giải là thật hay chỉ đơn thuần là một trò lừa bịp. Vào cuối những năm 1960, Carl Hammer, một nhà nghiên cứu đến từ Sperry Univac,[9] đã sử dụng các siêu máy tính để phân tích các mật mã và phát hiện ra rằng trong khi chúng được mã hóa sơ sài thì hai bản mã bí ẩn lại không thể hiện những kiểu mẫu về các con số được chọn ngẫu nhiên như người ta vẫn tiên liệu, và có lẽ là mã hóa của một văn bản dễ hiểu.[10] Những nghi vấn khác thì liên quan tới tính xác thực của chủ nhân cuốn sách nhỏ. Theo lời của một nhà nghiên cứu "Đối với tôi, câu chuyện về cuốn sách nhỏ đầy dấu hiệu của sự giả tạo... không có chứng cứ nào lưu lại lời của tay tác giả vô danh rằng ông ta từng sở hữu những tài liệu mã hóa."[11]

Bối cảnh câu chuyện trong cuốn sách có vài điểm bất minh, chủ yếu được dựng nên từ các bằng chứng gián tiếp hoặc thông qua lời kể.

• Các nhà mật mã học khẳng định, hai bản mã còn lại có các đặc điểm thống kê cho thấy rằng chúng không thể là mã hóa của một văn bản tiếng Anh.[12][13] Như Carl Hammer từng chỉ ra, các chuỗi chữ cái như abfdefghiijklmmnohpp dù không phải là ngẫu nhiên,[10] nhưng cũng không phải là tiếng Anh.
• Những người khác cũng đặt ra câu hỏi về việc tại sao Beale lại cất công viết tới ba bản mã khác nhau (hoặc ít nhất hai trong số đó là khóa mã, nếu không phải là mật mã) để mã hóa một thông điệp duy nhất ngay từ đầu,[14] đặc biệt là nếu ông muốn đảm bảo người thân của nhóm chủ nhân kho báu có thể nhận được phần của họ (vì với những nội dung trong hai bản mã đầu tiên, không cần thiết phải giải bản mã thứ ba).[10]
• Khi phân tích ngôn ngữ mà tác giả cuốn sách đã sử dụng (cách dùng dấu câu, mệnh đề tương đối, động từ nguyên thể, liên từ,v.v.), người ta phát hiện ra những mối tương quan đáng kể với văn phong các bức thư của Beale, bao gồm cả bản rõ của mật mã thứ hai. Điều này đề cập tới khả năng chúng đều được viết bởi cùng một người.[3]
• Các bức thư chứa một vài từ, chẳng hạn như từ "improvise" không được sử dụng trong tiếng Anh trước những năm 1820,[15] nhưng có trong tiếng Pháp từ năm 1786 ở khu vực New Orleans;[16] hay như từ stampede (tiếng Tây Ban Nha) "một cuộc náo loạn".[17] Từ "stampeding" của Beale, dường như xuất hiện lần đầu trên bản in tiếng Anh vào năm 1832,[18] nhưng đã được sử dụng trong giai đoạn 1786-1823 ở New Orleans, bằng tiếng Pháp và tiếng Tây Ban Nha.[3]
• Việc bản mã thứ hai mô tả kho báu đã được giải mã, trong khi các bản mã còn lại thì không, cho thấy một âm mưu khuyến khích mọi người lao vào giải mã hai bản mã kia, chỉ để phát hiện ra chúng là một trò lừa bịp. Ngoài ra, giá bán ban đầu của cuốn sách nhỏ là 50 xu, một mức giá cao vào thời điểm đó (tương đương với 14,23 đô la Mỹ ngày nay, nếu tinh chỉnh lạm phát), và tác giả cũng viết rằng ông mong đợi "một lượng phát hành rộng rãi".
• Bản mã thứ ba dường như quá ngắn để liệt kê tên họ hàng của ba mươi cá nhân.[10]
• Nếu Tuyên ngôn Độc lập được sử dụng làm khóa cho bản mã đầu tiên, thì nó sẽ đem đến các chuỗi chữ cái như abfdefghiijklmmnohpp.[19] Theo Hiệp hội Mật mã Hoa Kỳ, khả năng các chuỗi như vậy tình cờ xuất hiện nhiều lần trong một bản mã là ít hơn một phần một trăm triệu triệu.[19] Mặc dù có thể hình dung rằng bản mã đầu tiên được sử dụng như một dấu hiệu, cho phép người giải mã biết rằng họ đã "đi đúng hướng" cho một hoặc nhiều bản mã tiếp theo, nhưng như vậy là thừa, vì sự thành công của khóa mã khi giải bản mã thứ hai sẽ tự cung cấp dấu hiệu tương tự.
• Người được cuốn sách nhỏ miêu tả, Robert Morriss, nói rằng ông đang điều hành khách sạn Washington vào năm 1820. Tuy nhiên, các hồ sơ đương đại cho thấy Moriss chỉ bắt đầu có được vị trí đó sớm nhất là từ năm 1823.[20]

Đã có vô vàn nỗ lực phá giải các bản mã còn lại. Hầu hết người ta đã thử nhiều văn bản lịch sử làm khóa mã (ví dụ, Magna Carta, các quyển Kinh Thánh, Hiến pháp Hoa Kỳ và Hiến chương Hoàng gia Virginia), khi giả sử rằng các bản mã được tạo ra từ một vài mật mã sách khác nhau, thế nhưng tất cả đều thất bại. Việc giải mã thành công có khi phụ thuộc vào cơ hội ngẫu nhiên (chẳng hạn như may mắn tìm thấy một khóa mã sách nếu hai bản mật mã kia thực sự là mật mã sách); cho đến nay, kể cả những nhà phân tích mật mã lành nghề nhất cũng không thể làm nên chuyện. Tất nhiên, Beale có thể đã sử dụng một văn bản mà anh ta tự viết cho một hoặc cả hai khóa mã còn lại. Cũng có khả năng, Beale dùng một tài liệu đang sở hữu hoặc các kí tự ngẫu nhiên để dẫn tới một nguồn thứ ba. Trong cả hai trường hợp kể trên, việc tìm khóa mã là bất khả thi.

Sự tồn tại của Thomas J. Beale

Người ta tìm thấy hai người có tên Thomas Beale ở Connecticut và New Hampshire trong cuộc Điều tra dân số Hoa Kỳ vào năm 1810. Tuy nhiên, bản liệt kê của cuộc điều tra năm 1810 bị thiếu hoàn toàn bảy tiểu bang, một vùng lãnh thổ, Đặc khu Columbia và 18 quận thuộc Virginia.[21] Điều tra dân số năm 1820 xuất hiện hai cái tên Thomas Beale, người đầu tiên là một đại úy ở Louisiana, từng tham gia trận chiến New Orleans 1815, và người còn lại thì ở Tennessee. Ngoài ra còn có Thomas K. Beale ở Virginia. Tuy nhiên, bản liệt kê dân số này cũng bị thiếu ba tiểu bang và một vùng lãnh thổ.

Trước năm 1850, Điều tra dân số Hoa Kỳ chỉ ghi lại tên của chủ hộ; những người khác trong gia đình thì chỉ được đếm khẩu. Beale nếu thực sự tồn tại, có thể đã sống trong gia đình của một chủ hộ có tên khác.[22]

Ngoài ra, danh sách khách hàng của Sở Bưu điện St. Louis năm 1820 cũng có một người đàn ông tên "Thomas Beale". Theo cuốn sách nhỏ, Beale đã gửi một bức thư từ St. Louis vào năm 1822.[19]

Khoảng năm 1820, từng tồn tại một truyền thuyết của người Cheyenne, kể về hoạt động chôn cất vàng bạc được khai thác từ miền Tây tại các vùng núi phía Đông.[19]

Quyền tác giả được cho là của Edgar Allan Poe

Edgar Allan Poe từng được đề xuất là tác giả thực sự của cuốn sách nhỏ vì niềm đam mê của ông với mật mã. Poe nổi tiếng vì đăng lời mời giả mã các mật mã mà ông từng giải quyết trên tờ báo Philadelphia Alexander's Weekly (Express) Messenger.[23] Năm 1843, ông sử dụng một mật mã làm đối tượng dẫn dắt cốt truyện cho truyện ngắn "The Gold-Bug" của mình. Từ năm 1820, Poe cũng sinh sống ở Richmond, Virginia, vào thời điểm Beale được cho là đã gặp mặt Morriss. Tháng 2 năm 1826, Poe đăng ký làm sinh viên tại Đại học Virginia ở Charlottesville.[24] Tháng 4 năm 1827, ông buộc phải chuyển đến Boston vì nợ nần chồng chất.[25]

Tuy nhiên, các nghiên cứu và sự kiện đã làm suy yếu khả năng Poe là tác giả. Ông mất vào năm 1849 trước khi Những giấy tờ của Beale được xuất bản lần đầu tiên vào năm 1885. Cuốn sách nhỏ cũng đề cập tới cuộc Nội chiến Hoa Kỳ năm 1861. William Poundstone, một tác giả người Mỹ theo chủ nghĩa hoài nghi, đã thực hiện phân tích văn phong của cuốn sách nhỏ trong tác phẩm Biggest Secrets (1983) và nhận thấy rằng văn xuôi của Poe khác biệt đáng kể so với cấu trúc ngữ pháp mà tác giả viết cuốn Những giấy tờ của Beale đã sử dụng.[26]